Enzimología 6: Mecanismos de catálisis enzimática.

MECANISMOS DE CATÁLISIS ENZIMÁTICA – PARTE 1 Índice En general, podemos clasificar los mecanismos de catálisis como cuatro tipos principales en los que en la misma enzima se pueden dar múltiples mecanismos a la vez: Por aproximación: mediante establecimiento de interacciones E‐S (enzima-sustrato). Se trata de un mecanismo por contribución entrópica de la catálisis ya que reduce la entropía para que la reacción sea más favorable. Catálisis por aproximación: acercar los reactantes. Efecto de orientación: acercar los reactantes. Covalente Ácido‐base Por distorsión MECANISMO DE CATÁLISIS POR APROXIMACIÓN: Es un tipo de catálisis en el que se acepta que sucede en todas las enzimas. Este mecanismo trata de acelerar la reacción y en el que el catalizador (la enzima) no debe “gastarse”, esto es, que tiene que recuperarse tras haber realizado la reacción para repetir el proceso. La enzima aproxima espacialmente los sustratos (reactantes) y por lo tanto, aumenta significativamente probabilidad […]

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Enzimología 2: Esquema cinético de los procesos

Esquema cinético de los procesos enzimáticos. Índice Empezamos este tema con un abordaje simple y sencillo: el caso de una reacción en el que hay un único sustrato y un único producto. A tiempo cero (0) de la reacción tenemos dos especies E y S (enzima y sustrato) en el que se forma el complejo ES, esta formación vendrá gobernada por una constante cinética denominada k1 o constante de asociación ES. Esta constante representa la probabilidad que se forme esta asociación si los elementos enzima y sustrato se encuentran. La cantidad de veces en las que se encuentren estos dos elementos viene condicionado por las concentraciones de la enzima y el sustrato [E] y [S] (representamos con corchetes el término concentración), y debido a este hecho, se trata de una reacción de segundo orden en el que el tiempo y la concentración son protagonistas: (s-1 M-1). Sin embargo, este proceso […]

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Theoretical introduction to Nuclear Magnetic Resonance

This is a brief description about spectroscopy by Nuclear Magnetic Resonance intended to extend the basis of this technique not explained in the introductory chapter of my PhD Thesis. NMR is a powerful and harmless tool used for biophysical characterization of molecules with atomic resolution. Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy is a technique that takes advantage of the quantum mechanical properties of the atomic nucleus known as spin. Nuclei with spin quantum numbers different to zero behave with a finite charge distribution, thus having a magnetic moment proportional and parallel to the nuclear spin. These nuclei act like tiny magnets (dipoles) and can be, in principle, detected by NMR.  When a sample is placed in a stationary magnetic field (B0), its NMR active nuclei tend to align parallel or antiparallel with that external field. The dipoles oriented against the B0 are in a less stable state and are present at a […]

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Introducción a la Resonancia Magnética Nuclear o RMN (NMR)

Esta es una introducción general sobre espectroscopía por RESONANCIA MAGNÉTICA NUCLEAR (RMN) A continuación, enlazo una serie de artículos que se han ido confeccionando en función del grado de detalle con respecto a esta técnica espectroscópica. Me centro fundamentalmente en las bases físicas y sus aplicaciones para la caracterización estructural de complejos biológicos.  Theoretical introduction to NMR (en inglés), texto complementario a la introducción general de mi Tesis Doctoral. ¿Qué es la RMN? (Texto para alumnos de programas de Máster) Podcast de la entrevista a Marta Bruix en el programa “A Hombros de Gigantes” de RNE. ¿Qué peligros puede entrañar la Resonancia Magnética Nuclear? ¿Por qué la RMN? Los procesos celulares de los organismos superiores se ven regulados por moléculas que actúan conjuntamente en forma de grandes complejos moleculares en los que las interacciones juegan un papel fundamental. El conjunto de estas redes de interacción se conoce como interactoma. A […]

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¿Qué peligros puede entrañar la Resonancia Magnética Nuclear?

En el ámbito hospitalario, se ha llegado a un consenso para denominar a la Resonancia Magnética Nuclear de Imagen (RMNI) simplemente Resonancia Magnética. El miedo generalizado hacia la palabra “nuclear” es el causante de la adopción de esta medida.  La gente asocia la palabra nuclear con radiactividad, posiblemente por la relación que hay con el término “energía nuclear”. Sin embargo, “nuclear” en realidad se refiere a núcleo. Así como la yema es el núcleo del huevo (el huevo es una célula) y el centro de la Tierra es otro núcleo, el núcleo de los átomos está compuesto por neutrones y protones. Es ampliamente sabido que la materia está compuesta por átomos y en el caso de la RMNI o RMI, los radiólogos se centran en la concentración de tejido adiposo (grasa) y agua que tenemos en nuestro cuerpo, excitando con pulsos de radiofrecuencia los núcleos de las moléculas de agua concentradas […]

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