Enzimología 7: Mecanismos de catálisis enzimática (Parte 2)

MECANISMOS DE CATÁLISIS ENZIMÁTICA (PARTE 2) Índice PROTEASAS Evolutivamente hablando, se ha solucionado de distintas formas la hidrólisis de los enlaces peptídicos. Hidrólisis de enlaces amidas, digestión (como liberación de aminoácidos de cualquier fuente) los aminoácidos son los que entran en las células que darán lugar a las proteínas endógenas. Esta digestión se produce fuera, para lo cual, el organismo debe secretar las enzimas encargadas de la hidrólisis. Será la función de un primer grupo de proteasas. Se degradan las enzimas fuera de la célula para que no se importen proteínas desconocidas que puedan alterar el status quo de la célula. Estas proteasas digestivas que degradan las proteínas exógenas deben tener baja especificidad para poder hidrolizar cualquier enlace peptídico, el centro activo no debe poner muchas restricciones. Una especificidad muy amplia, con un centro activo poco definido y con pocas interacciones, con pocas interacciones, el factor entrópico será muy malo […]

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Enzimática 3: Influencia de factores ambientales en la catálisis enzimática.

INFLUENCIA DE FACTORES AMBIENTALES QUE AFECTAN A LA CATÁLISIS Índice Sin necesidad de estudios en el estado preestacionario se puede obtener más información sobre la catálisis. Cómo se afectan las variables macroscópicas según variables ambientales. Factores físicos: temperatura (muy importante) y polaridad Factores químicos: fuerza iónica (tipo de iones en el medio), pH (muy importante), todo tipo de compuestos que cambien aparentemente la eficacia catalítica (INHIBIDORES). Inhibidores reversibles: produce una reducción de la eficacia y al eliminarlo, la enzima recupera la eficacia original. Inhibidores irreversibles TEMPERATURA Saber a qué temperatura la enzima va a funcionar. Estudio cinético a diferentes temperaturas, para cada temperatura, definir los parámetros cinéticos macroscópicos y determinar la Kcat según la temperatura. Al inicio, no hay reacción, luego sigue una fase exponencial hasta un estadio estacionario al límite en que ya no se ve actividad. Normalmente casi todas las enzimas siguen esta gráfica. Sufren procesos de desactivación […]

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Enzimología 6: Mecanismos de catálisis enzimática.

MECANISMOS DE CATÁLISIS ENZIMÁTICA – PARTE 1 Índice En general, podemos clasificar los mecanismos de catálisis como cuatro tipos principales en los que en la misma enzima se pueden dar múltiples mecanismos a la vez: Por aproximación: mediante establecimiento de interacciones E‐S (enzima-sustrato). Se trata de un mecanismo por contribución entrópica de la catálisis ya que reduce la entropía para que la reacción sea más favorable. Catálisis por aproximación: acercar los reactantes. Efecto de orientación: acercar los reactantes. Covalente Ácido‐base Por distorsión MECANISMO DE CATÁLISIS POR APROXIMACIÓN: Es un tipo de catálisis en el que se acepta que sucede en todas las enzimas. Este mecanismo trata de acelerar la reacción y en el que el catalizador (la enzima) no debe “gastarse”, esto es, que tiene que recuperarse tras haber realizado la reacción para repetir el proceso. La enzima aproxima espacialmente los sustratos (reactantes) y por lo tanto, aumenta significativamente probabilidad […]

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Enzimología 2: Esquema cinético de los procesos

Esquema cinético de los procesos enzimáticos. [latexpage] Índice Empezamos este tema con un abordaje simple y sencillo: el caso de una reacción en el que hay un único sustrato y un único producto. A tiempo cero (0) de la reacción tenemos dos especies E y S (enzima y sustrato) en el que se forma el complejo ES, esta formación vendrá gobernada por una constante cinética denominada k1 o constante de asociación ES. Esta constante representa la probabilidad que se forme esta asociación si los elementos enzima y sustrato se encuentran. La cantidad de veces en las que se encuentren estos dos elementos viene condicionado por las concentraciones de la enzima y el sustrato [E] y [S] (representamos con corchetes el término concentración), y debido a este hecho, se trata de una reacción de segundo orden en el que el tiempo y la concentración son protagonistas: (s-1 M-1). Sin embargo, este […]

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Introducción a la Resonancia Magnética Nuclear o RMN (NMR)

Esta es una introducción general sobre espectroscopía por RESONANCIA MAGNÉTICA NUCLEAR (RMN) A continuación, enlazo una serie de artículos que se han ido confeccionando en función del grado de detalle con respecto a esta técnica espectroscópica. Me centro fundamentalmente en las bases físicas y sus aplicaciones para la caracterización estructural de complejos biológicos.  Theoretical introduction to NMR (en inglés), texto complementario a la introducción general de mi Tesis Doctoral. ¿Qué es la RMN? (Texto para alumnos de programas de Máster) Podcast de la entrevista a Marta Bruix en el programa «A Hombros de Gigantes» de RNE. ¿Qué peligros puede entrañar la Resonancia Magnética Nuclear? ¿Por qué la RMN? Los procesos celulares de los organismos superiores se ven regulados por moléculas que actúan conjuntamente en forma de grandes complejos moleculares en los que las interacciones juegan un papel fundamental. El conjunto de estas redes de interacción se conoce como interactoma. A […]

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